Prodi ocupó la presidencia de la Comisión Europa entre 1999 y el 2004, periodo en el que se puso en circulación el euro y se amplió la UE. Tras la dimisión del anterior Ejecutivo comunitario, presidido por Jacques Santer, el italiano llegó a Bruselas con un objetivo: llevar a cabo una reforma interna de la Comisión, lo que cumplió con el aumento de la transparencia y el refuerzo de la estructura institucional.

Prodi llegó con su imagen de profesor universitario, lo que llevó a algunos a calificarle de inmovilista y gris, pero tras el escándalo de la dimisión del Ejecutivo de Santer, instauró un clima de tranquilidad que permitió sacar adelante algunos complicados proyectos. Prodi logró el consenso necesario para impulsar uno de los proyectos europeos más ambiciosos y con un mayor calado para los ciudadanos: la eliminación de 12 monedas nacionales para dejar paso al euro, que se hizo realidad en enero del 2002.